任应秋从事中医工作50余年，执教30余年，已刊行于世的专著37种，约1300万言，其学术思想发展演变，大致可分为两个阶段。 1949年以前，中医一直处在被岐视、排斥的地位，政府采取取缔和废止中医的政策。中医界很多有识之士，为中医事业的生存而努力，为争取中医合法地位而献身，发展中医学术，发展中医教育。任应秋在上海就读期间，曾受诲于“中医科学化”的倡导者陆渊雷先生，对陆氏之谈大加称允，遂效其法，以“中医科学化”为己任，其所著《任氏传染病学》、《仲景脉法学案》、《中医各科精华一集·内科学》、《中医各科精华二集·内科治疗学》均属“中医科学化”观点之代表作。在50年代初期，所著《中国医学史略》、《脉学批判十讲》等书，仍是致力于“中医科学化”主张，这是任应秋40岁以前学术思想主体。
· 系统学习，全面掌握
1954年，人民政府对中医提出了“系统学习，全面掌握，整理提高”的方针，强调了西医学习中医的重要意义，相继建立和健全了中医的教学、科研和医疗机构，在新形势下，任应秋认真学习领会中医政策的实质精神，深刻认识到“系统学习，全面掌握”是继承中医学的问题，“整理提高”是发扬中医学的问题，只有系统全面的继承，才能做到发扬光大中医学。从此，他以其渊博的知识和丰富的经验，全力以赴于继承发扬祖国医药学，深入进行中医学术的研究。
· 为了引起全国中医界对继承发扬工作的重视
1957年他发表了《怎样正确对待祖国医学遗产》一文，1958年又在《中医杂志》第三期发表了《从头学起全面继承，打下发扬祖国医学遗产的坚固基础》一文，提出在全国中医界应认真学习中医政策，广泛开展继承工作，强调要认真学好几部经典著作，真正重视中医基础理论的学习。从1954年以后至1966年这12年里，他先后著成《伤寒论语译》、《金匮要略语译》、《阴阳五行》、《五运六气》、《中医各家学说讲义》等书，为中医学的普及与提高做了大量工作。
· “文化大革命”开始后
1966年“文化大革命”开始后，中医学术无法进一步发展，任应秋数十年所集的数万册书被查收，数万张学术资料卡片一扫而光，但他坚信发展中医学术无错，中医发展的春天一定会到来。1976年后，中医工作又开始走向正常发展的轨道，任应秋夜以继日，奋力著书立说，又先后完成了《内经十讲》、《中医基础理论六讲》，《中医各家学说》、《运气学说》、《内经研究论丛》等著作百余万言，校点了金代张元素的绝版书《医学启源》。这些著述，均是其晚年深入探讨中医学理论体系，并加以发扬光大的代表作。
· 任应秋治学态度严谨
钻研学术刻苦，为了练就扎实的中医基本功，白天进行教学、科研、医疗工作，晚间博览群书，开阔知识眼界，每日工作10余小时，数十年如一日，即使节假日，也从不例外。对于学术问题，引经据典，拨之临床，无不溯本穷源。《内经十讲》一书，对战国至汉代形成的中医第一部理论专著，从成书时代、古代文献、后世研究医家及其学术思想、理论体系诸方面进行探讨，引用大量古代文献资料，均一一得出结论，被中医理论研究者所称道。《医学流派溯洄论》一文，从大量中医文献资料和史料研究入手，得出医学流派起于战国的观点，成为中医界一家之言。他不囿于旧说，不固执自己的旧论，例如《中医各家学说》教材先后四版，在一版教材中他不主张划分医学流派；二版划分4个医学流派；至三版又提出7个医学流派，使教材不断充实、提高与完善，充分体现出其严谨的治学精神。
· 研究中医流派 创立各家学说新学科
任应秋执教北京中医学院后，集前贤及自身研究中医之经验体会，认为欲造就大批高级中医人才，必须师百家之长，集前人理论与经验之大成。经过数年的努力研究，1959年撰写了《各家学说及医案选》，介绍了历代著名医学家的学术思想与经验，并附以验案印证。该书首先在北京中医学院的本科生中使用，受到普遍欢迎，后经卫生部批准将各家学说正式列为高等中医院校本科大学生的必修课程，并由他主编了第一版《宋元明清各家学说及医案选》。1964年在原教材的基础上，进行了全面补充与修订，又增写了总论部分，从中医理论体系的形成到各家学说的演变与发展作了系统的分析，提出了中医发展史上存在四大学术流派，即以刘完素为首的河间学派，以张元素为代表的易水学派，宗法张仲景《伤寒论》的伤寒学派和明清时期发展起来的温热学派。所选医家由原来的22人，增加至39人，并附有原著74篇，更名为《中医各家学说讲义》，是全国高等中医院校二版统编教材，收到了良好的教学效果。
· 对中医学术流派有了更深刻的认识
1980年，经20年的潜心研究，他对中医学术流派有了更深刻的认识，提出了医学发展史上存在着7大医学流派，即医经、经方、河间、易水、伤寒、温病和汇通等学派。他认为历史上医学流派的肇始并非在金元，而当断于先秦。指出了医学流派的判定，当以师承授受与学术争鸣为依据。这些新的观点，在中医学界引起了反响，推动了对中医学的深入研究。他主编的全国高等中医学院教材《中医各家学说》第三版，即以7大医学流派为主线，包括基础理论和临床各家学说在内，共分别介绍了上自战国，下至民国时期的11个时期，105位医学家，全书共约60万字，可谓集历代著名医家学术经验和学术思想之大成。是书出版之后，日本汉医学界立即全文翻译。1984年5月，他在重病中，再次主持了新版《中医各家学说》教材的编审工作。在“中医各家学说”这一学科领域中，任应秋是国内当之无愧的学科创立者和带头人。
· 重视经典医著 精研基础理论
任应秋一生阅读了大量中医古籍，尤其重视对中医典籍著作的理论研究，毕生致力于中医理论的发掘、整理、提高，并且作出了突出的成绩。
他一直坚持认为，中医学术中不仅有着丰富的临床经验，而且有它自身相当完整的理论体系。针对社会上存在的“中医没有理论”，“中医不科学”等观点，他深刻指出，中医学是一门经过了几千年亿万人民实践检验的科学，为中华民族的繁衍昌盛作出过巨大贡献，实践证明，“道经千载更光辉”，中医不单有它系统的理论体系，而且中医理论中包含着深刻的整体观念、唯物论和辩证法，这种自然形成的中医理论体系，有着科学、合理的内涵。这正是中医中最宝贵的部分。1978年他在《光明日报》发表了题为《培养高水平的中医理论骨干》的文章指出：“目前当务之急是如何发掘中医宝库中的理论，并加以整理提高的问题”。并建议首先培养一支精通中医理论的高水平骨干队伍。办法是无论中医学院的在校学生，还是西医学习中医班，都必须认真学习几部中医经典著作，只有这样才具备发掘中医理论的能力，才能完成发掘整理提高中医理论的艰巨任务。
· 任应秋一贯倡导学习中医古典著作
打好中医基本功。从1961年至1964年，他连续在《中医杂志》及其他医学刊物上发表古典医著学习辅导的文章10余篇，系统地介绍了中医典籍《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》、《神农本草经》，以及有关温病、方剂、脉法、针灸方面的知识及其学习方法，读者多受教益。这些内容后经重辑，更名为《学习中医典籍七讲》收入《任应秋论医集》中。
任应秋历来重视经典中医著作的学习与研究，而且卓有成就。以对《内经》的研究为例，他综合唐代王冰以下历代研究《内经》医家的研究方法，分为校勘、注释、类分研究和专题发挥诸家，高度概括了前人的研究成果，从而归纳出《内经》的学习思想和理论体系，指出《内经》一书主要包括了脏腑、经络、病机、病证、诊法、辨证、治则、针灸、方药、养生10个方面，而其理论体系的主要内容则可以脏腑（包括络经）、病机、诊法（包括四诊）、治则四大方面来概括，并将其研究的10个专题，撰成论文名为《内经十讲》，是其数十年研究《内经》的心血结晶，已成为现代研究《内经》的主要参考资料之一。为了便于研究《内经》，他晚年又组织编写《内经章句索引》，成为我国历史上第一部研究《内经》的大型工具书。
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