《竹亭医案》共九卷，其中内科杂病(包括少量外科病例)六卷、女科三卷。因作者将历年积累的病案似珍珠般地串连一起，故又名《缀珠编》。本书涉及的病种颇为广泛，凡感冒咽痛、湿毒暑热、瘰疬痧痘、霍乱吐泻等等，无不详录在案，且多为复诊医案，使读者对病案的发生、发展与转归，有一个较完整的认识。案中的议论与按语也时有神来之笔，具有画龙点睛的作用。处方用药体现江南医家平正的特色，基本上不用峻烈之品，即使必须使用攻逐之剂，嗣后仍图补脾和胃，深得中医调理之三味。此外，“治病必求其本”也是孙氏的一大特色。