《医贯》全书共六卷，卷一为“玄元肤论”，论《内经》十二官、阴阳、五行；卷二为“主客辨疑”，论中风、伤寒、温病、郁病；卷三为“绛雪丹书”，专论血证；卷四、卷五为“先天要论”，以六味丸、八味丸为主方，治疗真阴、真阳不足诸病；卷六为“后天要论”。赵氏对后天之本虽亦重视，但他认为先天之火乃人生立命之本，在仙炼之为“丹”，在释传之为“灯”，在儒明之为“德”，皆是此物，一以贯之，故书名《医贯》。书中引易入医，阐发命门乃人身之太极，以易学的“先天”“后天”学说概括肾命与脾胃的关系等学术主张，是赵氏生平医易汇通的突出成就。在临床方面，赵氏推崇薛己所阐论“补真阴，补真阳”的治法，结合自己临床擅用六味丸、八味丸的经验，在《医贯》一书中予以进一步补充、发挥。