钱乙撰写的《小儿药证直诀》，是我国现存的第一部儿科专著。它第一次系统地总结了对小儿的辨证施治法，使儿科自此发展成为独立的一门学科。钱乙所创立的中药方剂“六味地黄丸”，原名“地黄丸”，本是为小儿生长迟缓、发育不良所设，后来发展成为滋阴补肾、养生保健的千年良药，直至今日，仍然广泛运用于临床。
钱乙的学术贡献有三部分：
一是“五脏辨证法”。钱乙勤学古籍，熟读《黄帝内经》、《神农本草经》、《伤寒杂病论》，认真总结经典中的学术思想，结合《史记》中记载扁鹊行医儿科的医案，东汉《颅囟经》、《诸病源候论》、《千金方》等关于儿科病症的记载，结合“小儿纯阳之体”的学说与张仲景辨证施治的理论，提出了适用于小儿科的“五脏辩证法”。
二是“主张保养养生”。钱乙开创提出的“保养养生法”，不仅适用于小儿，还适用于成人，被后世学术界认为是科学而有效的养生方法。
三是“通过面部诊病”。在小儿疾病的诊断方面，钱乙主张重用中医四诊中的望诊，以望诊面部及眼部为主诊察小儿五脏疾病，提出了诊小儿“面上证”“目内证”的望诊方法，极大的丰富了中医儿科学的理论，为后世儿科学的发展做出了卓越的贡献。
钱乙杂儿科学方面的成就为后人称许，而且对中医辨证学、方剂学均有较大的影响，他奠定了中医史上儿科的专业地位。他一生旨在使“幼者无横夭之苦，老者无哭子之悲”。阐释了中医医道的博大和慈爱。他精通中医的至高境界，望诊，在中医历史上有着里程碑式的地位。