吴昆毕生从事医学近六十年，著作宏富，上及医经、注释，下及临床方脉、针灸，广收博采，旨论宜人。是明代集理论、方剂、针灸于一身的卓然大家，于后世医学颇具启发。
· 后世影响
吴昆既承家学，又受师教，理论与临床均造诣较深，著有《吴注黄帝内经素问》、《医方考》、《脉语》、《针方六集》等医书。《素问吴注》24卷，对经典训释见解深刻，语简理明，多所发挥，订正了王冰经文的多处错误。人赠雅号“参黄子”，乃喻其能洞察黄帝经旨之奥，医技精湛，见解独到，往往出人意料而令众医折服。《素问吴注》是继全元起、王冰、马莳之后通注《素问》的第四家，对后世产生了深远的影响。《医方考》6卷72门，广搜医方700余首，着眼临床，实用性强，是我国第一部注释方剂的重要著作，16世纪东传日本、朝鲜及东南亚各国，影响很大。创有清气化痰丸、知柏地黄丸等名方。晚年集古代针灸大成，掺个人见解，著成《针方六集》，临床价值较大。
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