杨艺农治学师古而不泥古，对中医理法方药的运用与中药的炮制等都提出过不同看法。如对黄连的认识，本草载其“大苦大寒，燥湿解渴，厚肠胃止肠泄痢。”他认为黄连虽苦，但大寒则殊不正确。因为《神农本草经》黄连条“味苦寒，主热气，目痛，皆伤泣出，明目，肠僻，腹痛，下痢，妇人阴中肿痛”，并无大寒二字，可见大寒二字系后人附会失当，殊不足信。又如桑皮一药，为古方泻白散中之药味，吴鞠通对于外感咳嗽最反对用桑皮、地骨皮，谓桑皮之性下达而坚结，由肺下走肝肾，能引邪入肝肾之阴，故认为“泻白散不可妄用”。杨艺农则认为，桑皮甘辛而寒，泄肺热，理嗽祛痰，为肺热咳嗽及一般咳嗽对症之药。他本人用桑皮治咳不下四十年，功效卓著，从无流弊。他认为研究医学，对古人言论，须从临床实际细心体会，不可偏信一家之言，一味盲从。否则，足以妨碍学术之进步，所谓尽信书则不如无书，即此意也。
在中药的炮制问题上，他对于药物见火和浸泡提出自己的看法。他认为，药物见火变性为必然之理，故很多药物不宜火炒，如阿胶不可炒珠。仲景黄连阿胶汤、胶艾汤等方，皆于他药煎好时入胶令烊化，从无用炒珠者。此外，一般阴药如芍药、当归等皆不宜见火。他主张大黄生用，不宜炒熟，因为大黄荡涤肠胃燥结而除瘀热，推陈致新。仲景承气汤等方大黄皆生用，不炒制。西医药物学谓“大黄用大量有泻下作用，小量能制止肠胃之发酵，促进消化，止下利。故为健胃强壮药，用于虚弱家及小儿”。可见大黄并非峻烈之品，只宜生用。若妄加炮制，枉费人力物力，削减疗效，殊无可取。试观熟军较生军用量大，即其证明。
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