陈氏的主要学术思想在于阐明“分别三因，归于一治”。主张辨证重脉而处方不泥。
1.阐论三因
陈氏在《内经》和《金匮要略》有关病因理论的启迪下，结合临床治疗详尽地阐述了“三因学说”，指出“六淫天之常气，冒之则先自经络流入，内合于脏腑，为外所因；七情人之常性，动之则先自脏腑郁先。外形于肢体，为内所因；其如饮食饥饱，叫呼伤气。尽神度量。疲极筋力，阴阳违逆，乃至虎狼毒虫。金疮踒折。疰忤附着畏压溺等有背常理。为不内外因。”又指出“所谓中伤寒暑风湿，瘟疫时气皆外所因。”可见陈氏把六淫之邪、瘟疫时气等列为外因。七情所伤为内因，饮食劳倦以及仆伤虫毒等归为不内外因。这三种致病因素。既可单独致病，又能相兼为病，彼此并非完全割裂。另外，陈氏认为三因致病后形成的病理产物，如痰饮、瘀血等。又可作为病因导致不同的病证。
陈氏注重病因。其目的是为正确地辩证施治。即“分别三因，归于一治”。他指出：凡治病。须识因。…不知其因。施治错谬。医之大患。不可不知。…“治之之法。当先审其三因，三因既明，则所施无不切中。”并把三因理论具体运用于临床各种病证的辩正之中。如论五疸，认为“若论所因，外则风寒暑湿，内则喜怒忧惊酒食房劳。三因悉备。世医独丽于伤寒论中。不亦滥矣。学者宜识之”。又如论眩晕证治说：“眩晕既涉三因。不可专为头面风。”并具体论述了内因、外因、不内外因所致眩晕的不同症状特点。这些见解，显然与后世“辨证求因”，“审同论治”。重视病因的观点相吻合。
2.辩证重脉
陈无择在详究三因的同时，还十分重视察脉辨证，强调学医必识“脉、病、证、治，及其所因”。因脉以识病。因病以辨证，随证以施治。他在前人学说的基础上提出“分人迎气口以辨内外因；列表里九道。以叙感伤病”的诊脉方法。察脉必以人迎气口分内外所因，陈氏认为是“学诊之要道”。其诊法是左手关前一分为人迎。候六淫外感。右手关前一分为气口。候七情内伤；其不应于人迎、气口者。为不内外因。然以左右关前分主内伤、外感，不及分候脏腑之说为优。所谓“列表里九道”。是将24脉分为浮、芤、滑、实、弦，紧、洪“七表病脉”，微、沉、缓、涩、迟、伏、濡、弱“八里病脉”，和细、数、动、虚、促、结、散、革、代“九道病脉”3类。同时陈氏又指出 “博则二十四字，不滥丝毫：约则浮、沉、迟、数。总括纲纪。故知浮为风、为虚沉为湿、为实；迟为寒、为冷。数为热、为躁。风湿寒热属于外，虚实冷燥属于内。总之。“医事之要无出三因。辨因之初。无逾脉息。”
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