蒙医药学是蒙古民族的文化遗产之一，也是祖国传统医学的重要组成部分，它是蒙古族人民在长期的医药疗实践中逐渐形成与发展起来的，它吸收藏医、汉医及印度医学理论的精华，逐步形成具有鲜明的民族特色、地域特点和独特理论体系、临床特点的民族传统医学。
蒙医药理论体系的显著特点是：以阴阳五元学说为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论为“赫依、希拉、巴达干、血液、黄水、粘虫”。把疾病的本质归纳为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。蒙医理论明确指出，发病本身的内在条件是指三根七素，即内因，致病因素指外界因素，即外缘。在正常情况下，三根七素各有特点，自具其能，密切联系，共同担负着人体正常生理功能活动，保持对立统一的相对平衡状态。这是人体健康的基本原因。在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰等反常状态而失去平衡时，就产生疾病，这是病理活动的基本原因。三根七素是人体进行生命活动的能量与物质基础，并且也是产生一切疾病的根本因素。对于人体生理功能和病理机制，均以三根的生成变化为理论根据。
蒙医认为，人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程，内部消化系统，外部言听视行，都不是孤立进行的，必须在三根七素的作用下，人体脏腑之间、脏腑与体表之间的生命活动彼此协调，相互制约，才能维持人体内环境的相对平衡，如某一部分发生病变，就会影响到其他部分以至整体，引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。所以在医疗疾病过程中，不能只看表面现象，而要辨证地进行全身的综合分析才能得出正确的诊断。人和自然界也是相互对立统一的，人体通过感受器官和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化，必然对人体产生影响。在正常的情况下，通过人体内部三根的调节，使之与自然环境的变化相适应，若七素之间的平衡失调，相互为害；或由于某种外因，人体内外环境的相对平衡状态遭受破坏，就会发生疾病。蒙医在临床上根据这一理论和原理解释各种致病因素的性质、特点和所致病症的临床表现。所以“扶正”与“祛邪”是人体战胜疾病、恢复健康的重要措施。
蒙古族医药是在长期的医疗实践中逐渐形成与发展起来的传统医学，其历史悠久，内容丰富，是蒙古族同疾病作斗争的经验总结和智慧结晶，也是一门具有鲜明民族特色、地域特点的医学科学。它不仅有着丰富的医疗实践，且具有独特的理论体系和诊疗经验。
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