巢氏曾奉诏于大业六年(公元610年)编撰《诸病源候论》五十卷，分六十七门，载列证候1739论，分别列述了内、外、妇、儿、五官、口齿、骨伤等各科疾病的病因与证候，并讨论了一部分疾病的诊断、预后、以及预防、摄生、导引按摩、外科手术等一些治疗方法。此书为中国第一部中医病因证候学专著，也是第一部由朝廷组织集体撰作的医学理论著作，在中国医学史上占有重要地位，对后世影响十分深远。
《诸病源候论》主要有以下特点：
1.书中主论病因证候，不载方药：书中以病为纲，每类疾病之下，分述病证概念、病因、病机、和证候。收罗病证之全前所未见，对病因病理的阐述和对证候的描述具有较高水平。
2.发展了中医病因学理论：提出“乖戾之气”是传染性疾病的致病因素，并提出预先服药可以预防疫病感染。书中记载了多种人体寄生虫病，详述其形态及感染途径；并提出疥疮与疥虫侵染有关；炭疽病为传染所致；漆疮系“禀性畏漆”引起的过敏；山区瘿病是饮用了“沙水”致病。书中的许多新观点和记载有较大进步。
3.在病理方面：书中对多种疾病的病变、转归有详细记载和系统描述，突出了各病的特殊证候，在临床鉴别诊断上有重要意义。
4.在证候分类学方面：对病症分门别类，使之系统化。如妇产科分杂病、妊娠病、将产病、难产笔耕内、产后病五类。这种分类更加细致、明确，有利于临床应用。
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