西医认为，肛门疼痛是感觉神经系统的功能，是机体自我保护的一种反向机制。肛门疼痛疼痛影响着机体局部或整体的功能，给患者带来痛苦，如果没有及时对症治疗甚至危及生命。
实际上，疼痛是肛门的一个主要反应，这是因为在解剖学上，齿线以下的肛管组织以及肛门周围皮肤均由脊神经所支配，而脊神经是痛觉神经，感觉十分敏锐，手术刺激后可产生剧烈疼痛。术后创面受排便刺激，反射性地引起肛门括约肌的挛缩，则可使疼痛加剧而持久。
肛门给药止痛，肛门给药可避免消化道反应，是常用的止痛方法。常用药物有痔疮宁栓、消炎痛栓、吗啡控释片，或含有局部麻醉药的药膏术后肛门塞入。
口服止痛药物，口服药止痛简便易行，适合轻度疼痛止痛。如曲马多、强痛定、双氯酚酸钠缓释片等。然而，口服止痛药的时效特点与术后疼痛常不相匹配，达到止痛所需血药浓度时间很慢，并受胃肠功能影响很大，往往疼痛达高峰时，血药浓度很低，而疼痛过后却相对过高，引起不良反应。
随后就有人提出超前用药的主张，指在手术切割之前就应用镇痛药，可减轻手术强烈刺激所致的中枢神经元兴奋，使血药浓度高峰与术后疼痛期相吻合，进而消除术后的异常感受，术后继续用同样药物和其他协同药物，使血药保持有效浓度，以期达到术后强效镇痛的目的。
对于手术治疗肛门疼痛的方式，是快速且直接的，知识术后需要一段时间恢复，并且术后期间的饮食要注意，休息要注意，对于恢复有帮助。
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