《素问·病能论》“上经者，言气之通天也。下经者，言病之变化也。”《黄帝内经》依据五运六气构建的病之变化理论，其基本框架是，五运六气有如脚手架，四部五论是框架结构。阴阳论是结合件和基础，统领四部，贯穿于四部。四部由形器论（包括器官说和形体说）、藏象论、经络论、气化论组成，而形器论的器官说又是后三论（部）的核心和基础，后三论（部）都与其相联系。
阴阳论 《素问·生气通天论》：“自古通天者，生之本，本于阴阳……阳气者，若天与日，失其所则折寿而不彰，故天运当以日光明。”《素问·阴阳应象大论》：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也……天有四时五行以生长收藏，以生寒暑燥湿风。人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐……阳生阴长，阳杀阴藏……年四十而阴气自半也，起居衰矣”。后人说得更为浅白，《颅囟经》：“小儿为纯阳之体”，《类经图翼》引《中藏经》言：“阳者生之本，阴者死之基……一切常人，分阳不尽则不死”。这是阴阳概念定义的内涵。
《灵枢·阴阳系日月》：“且夫阴阳者，有名而无形，故数之可十，离之可百，散之可千，推之可万，此之谓也。”这是阴阳概念定义的外延。
前者是一种客观存在，后者是一种方法。按着道教的做法，前者称之为先天阴阳，后者称之为后天阴阳。先天阴阳是天地、万物、变化、生长杀藏的响导，按着现代科学的说法，只有熵和负熵具有这种能力。后天阴阳可以区别对待先天阴阳的多寡，任意两者相比较，谁的阳多谁就属阳，谁的阴多谁就属阴，按着现代哲学的说法就是对立统一，数学的说法就是“+、-”号。
形器论之器官说 《素问·阴阳应象大论》：“天有四时五行以生长收藏，以生寒暑燥湿风。人有五藏化五气，以生喜怒悲忧恐”。《春秋繁露·人副天数》：“内有五藏，副五行数也。”《白虎通卷八·性情》：“人本含六律五行之气而生，故内有五藏六府。”《五行大义·卷之三·第十四论杂配·四者论配藏府》：“藏府者，由五行六气而成也。藏则有五，禀自五行，为五性。府则有六，因乎六气，是曰六情。”借用解剖名词命名，以器械、官职功能描述，符五运六气之数，采用“黑箱系统辨识法”，把身心生理病理现象进行分类，虚拟构建成五藏六府，并以精、血、脉、津、液、营卫宗气“物质”进行机械联系。用阴阳区别其内外上下偏阴偏阳。
形器论之形体说 形体说就是人体任何一个可以辨认的局部，都有全身的代表点，是全身的缩影，用于诊断和治疗。因为其机制可用“精”的转输过程来说明，故也属物质机械关系。按着现代科学的说法就是人体的“全息”现象。
藏象论 分为四象、五行、六节藏象说，是器官在阴阳统领下的时间联系机制。藏象论从时间角度，观察生命在不同时间尺度上表现出的节律现象，说明人体的生理、病理。与现代的“时间生物学”有共同之处，但更深刻、更实用。《素问·阴阳应象大论》：“天有四时五行以生长收藏，以生寒暑燥湿风。人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐”。“五行”的实质是代表事物周期的五个阶段，事物皆有周期或始终，故皆有五行。五行解决三个个问题，一是六淫（实则是五运风热湿燥寒，火为六气与五运合，并到热中），无论外感内伤还是物理化学生物环境情志致病因素表现出的现象；二是生长壮老已、春夏秋冬、旦夕昼夜等等不同时间尺度的“五藏应时”。藏象，按四季分为四象藏象，按五行分为五行藏象，按六气分为六节藏象；三是，通过时序同构，“取象比类”将各种事物联系在一起，在同一系统内应用其生克原理。“五运六气”又可做为藏象说的分支，在一年的尺度内把握人体的生理、病理，同时奠定了病机辨证论治原则。
经络论 《灵枢·经别》：“余闻人之合于天地道也，内有五脏，以应五音、五色、五时、五味、五位也；外有六腑，以应六律。六律建阴阳诸经而合之十二月、十二辰、十二节、十二经水、十二时、十二经脉者，此五脏六腑之所以应天道”。通过《素问·阴阳离合论》，明显可以看出是把六气通过开合枢，使三阴三阳变成了经络的表里关系。三阳经像朝阳运转，三阴经背阴运转。在构建的六经基础上又依照天五地六构建了十一经，在十一经基础上把少阴经分出一部分做厥阴经，形成十二经学说，再产生奇经八脉。经络与五藏六府相连，以十二月建十二经时，五藏六府也增加一个心包，足见五藏六府的虚拟性。经络是从空间的角度观察人体，是人体阴阳属性不同的各个空间区块，故用三阴三阳命名。经络是时间藏象在身体空间的表现，所以有伤寒一日太阳、二日阳明……六日厥阴受之，子午流注等的时间节律。
气化论 其中只有精、气、神、形四个概念。它是依托于前三论，把形器论、经络论、藏论中所有的生理活动结果只分为四个层面去掌握，主要用于养生。一是阐述精、气、神、形的相互作用和转化，二是阐述药食之气的转化和作用途径。
张仲景严格承袭了内经模式，它用藏象论辨六气病症，用经络论辨伤寒热症，用器官说辨杂病。特别是其用药规律，都是以器官说为依据的。由于四部交织应用，每一部中都存在其他三部的概念，所以，经络或藏象辨证就可以按形器论用药。
后世医家多是以经验积累为主，虽然理论上在某些方面也有所发展，但是由于哲学背景由道家转向儒家，理论出现了扭曲、混乱，造成了中医理论难以理解。但是经过认真辨析，仍可以在内经的四部五论框架中找到应在的位置。也就是说，虽然有各家学说的不同，中医仍然是统一的。
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