五运六气是在天人合一、周期学、气一元论等理念下，以观象制历为基础，运用天干地支等符号和一定的推演格局，推求值年及各运季时段的气候物候，以及对生命健康的影响，进而提出预测疾病、预测灾害及防治措施的术数体系。五运六气本属于术数，其诞生系多种学术聚集而成。
五运六气的来源可归结为以下三点：一是天人合一的生命理念和包括生活经验、实践及以此为基础的天文学、气象学、灾害学等方面的知识；二是气和阴阳五行等理论；三是《周易》的易经、易纬体系的术数推求方法。五运六气理论有三个组成部分，即医学气象历法、推演格局和联接运气要素的医学理论。包括气象病因学、五运六气病证纲领、气化理论、病机十九条、运气养生理论等。五运六气的内容，在《后汉书·方术列传》《晋书·天文志》《旧唐书·孙思邈传》都称为或属于“推步”之学。北宋以后，才以“五运六气”命为专名。
五运六气的演进发展
五运六气的系统理论，虽然出自唐代王冰在次注《素问》时所补入的“七篇大论”，但此理论从发生到形成，却与医学同步，是一个漫长的历史过程。经历了滥觞期、酝酿期、奠立期、隐传期、经传期等多个历史时期。
· 滥觞期——从远古到周代
此时期主要是产生了五运六气理论来源的知识，并提出了“五运”和“六气”的称谓。此期主要贡献是产生了天人合一的理念，开始了察天道以明人事的探索。
先民自形成社会以来，积累的关于天文、历法、气象、地理等以及它们与灾害、疾病关系的知识。先民从生活和生产的需要中总结经验，很早就“观乎天文，以察时变”，天体虽远，地域辽阔，因与生活生产关系密切，都是先发的古老科学。中国古代天文学可以分为观象派和制历派两派。观象派，如《周礼》的保章氏，春秋时代的梓慎、裨灶等人；制历派，如《周礼》记载的冯相等。殷商时有宇宙结构的盖天说，还有系统的干支记日法，以后逐渐建立起系统的立法。
中国古代历法丰富，据朱文鑫《历法通志·历法总目》记载，从黄帝历起，到太平天国的天历止，一共有102种历法。五运六气“推天道以明人事”，既观象又制历，以其一套独特的历法成为推演格局的历法。庐央先确认这是在102种之外的独特历法，称“五运六气历”。滥觞期虽未形成系统的五运六气历，但《周礼·医师》已有郑玄注：“察天之五运，并时六气”，说明已经被列入医师的思考内容之一。
医学知识和灾害方面的知识及它们与天文气象的联系，也是萌发五运六气的来源。周代已有医师的分科与考核制度。中国古代常有瘟疫流行，自然灾害多发。它们都与天文气象因素密切相关。对这些相关资料的归纳，初步形成了五运六气的气候病因说，进而成为推演五运六气格局的理念。
推占类的术数也是五运六气理论的重要来源。在巫术文化的时代，巫觋们掌管祭祀、战争的决策和医疗。占卜是各方面预测的重要手段，又随着文化的演进不断发展。占卜形式有多种，有星占、龟占、鸟占、风占、梦占、鬼卜、筮占、五星占、杂占、式盘等。此诸占法不断擘发出学术内容，科学性和神秘性乃至迷信内容互相糅杂。殷末周初，术数中有些内容条理化为《周易》，之后又有“十翼”而为《易传》，成为中华第一部哲学著作。术数又称数术，成为“明堂羲和史卜之职也”。其中，八风占、望气占和五星占等，都是以观察星象气候以预测疾病，并在发展中式盘化，是五运六气的原始形式。
周代虽然是巫术与术数并行，但总趋势是巫术向术数发展，《国语》的“天六地五”，为五运六气的发轫铺盘了框架思路。
· 酝酿期——春秋战国时代
春秋战国时代是中国文化大发展的历史时期。中国古代天文学在这个时期初步确立了自己的独特体系。
随着天文观测资料的积累，人们逐步认识了天体运行的一定规律，进而作出理论上的概括，产生了对宇宙起源、结构和演化的推测，继盖天说之后，发端了混天说和玄夜说的思想。对日、月及五星的研究已相当深入，二十八宿十二次等体系更趋成熟和完善，有了许多关于天文方面的著作。有圭表、漏壶等天文观测仪器，在天象记事方面，有丰富的日月食、流星雨、陨石记事，最早记录了哈雷彗星。论述天文算法的《周髀算经》在战国时已莅世。
医学方面，春秋晚期医巫分离，在医术传承中已经有用药为主的汤液本草派，秦越人和弟子们组成的扁鹊学派，以及注重养生的道家学派等。各派把口耳相传的医术编撰成书，惟气象病因学是各派都遵从的。
战国时代，方士的崛起，使术数向系统化、理论化及专攻的方向发展。此方士并非《周礼·秋官》之方士，乃方术之士，以占筮、推步、求仙、炼丹为业者，尝自言能长生不死者。起源于七雄齐燕滨海地区。后来不断发展，除卜、星、相之流为方士外，医家也被列入方士。方士各有专长而分门派，有阴阳家、五行家、堪舆家、布姑子术、相马术等，随着《易传》的推行，方技逐渐理论化，如邹衍提出“五德转移”“五行相胜”等理论。
此时期阴阳与五行不仅各自发展，进一步理论化，两者还结合成一个系统。据如今所出土的文献表明，五运六气格局的框架，早在先秦时代就已经构建了。与五运六气相联系的，如马王堆出土医书《五星占》《天文气象杂占》；1985年湖北江陵张家山出土的《日书》《历谱》；1993年江苏连云港温泉镇汉墓出土的《神龟占》《六甲占雨》等等。早在《管子·五行》，记载冬至后睹甲子、丙子、庚子、壬子，而木、火、土、金、水相继用事，为五运各主72日的先源。《礼记·月令》记载要关注疫气发生的原因：“人受疫气，何以异此？”并记载疫气的发生，可依据它与一些自然现象的联系预测之，如说：“孟春行秋令，则民大疫”“果实早成，民殃于疫”“诸蛰则死，民必疾疫”等。未臻成熟的运气理论也被用于商业。
· 奠立期——秦汉时期
阴阳五行和《易经》是秦汉时代的学术骨干，也是五运六气理论的构架。秦汉时代，作为五运六气学术背景的三方面来源以及发展和成熟，援发为五运六气的三个组成部分。
五运六气的三个组成部分即以天干地支符号系统表述的历法和周期，以气一元论和一分为三贯穿的推演格局，由气象医学、疫病流行和气化学说及治法治则，这三个组成部分共同构建成五运六气的医学理论。
五运六气历、律、候三位一体，推天道以明人事。气候物候依循节气，节气的至与不至依凭历法。五运六气在天文观测基础上建立了独特的历法。秦汉时代天文学的成就和制历的技巧，都能体现于“五运六气历”。汉代重视实际观测，以及从赵君卿（爽）注《周髀算经》到盖天说与浑天说的争论，促进了天文历法的发展。汉代以前的秦朝尊邹衍的五德终始说，认为秦得水德而有天下，天一生水，地六成之，以六为度，以六为节，服色宜黑，以十月为岁首，即所谓周正。历法采用了比较接近实际的颛顼历。以365又1/4日为一回归年的长度，29又499/940日为一朔望月的长度，以19年7闰的办法调节节气。
汉初仍沿秦时历制。后来逐渐发现实际节气有所提前，汉武帝下令征召民间天文学家进一步测算，经30年的争论，于公元104年颁布了太初历，当年为太初元年，以正月建寅为岁首，一朔望月为29又43/81日，又称“八十一分法”，仍用19年7闰。历法内容包括二十四节气、朔晦、闰法、五星、交食周期等，这是历法学上的一次大改革，是落下闳、邓平制定的。东汉末年，刘歆附会夏、商、周三代的三统说，又补充了日月食周期和五星运行资料，制定了三统历，也有其价值。东汉章帝时发现，三统历与天象实际不尽符合，由贾逵、编讠斤、李梵等人又制定了四分历，它载有合朔弦望、月食加时的方法，还测定了二十四节气的晷影。五运六气历法的创立者，在一周天365又1/4四分法的基础上，主要考虑一年24节气和疾病流行的相关而制历，“五日谓之候，三候谓之气，六气谓之时，四时谓之岁”（《素问·六节藏象论》），即365又1/4日为一年，四时气候的变化可用三阴三阳的六气分六步。六步分主气、客气。主气的六步是气候变化的常令，大体按风、温、热、雨、凉、寒6个季节次序排列，实际是火分为二的五行相生顺序。每一步60天87刻半，年年不变。客气也6步，但顺序按三阴三阳（运气以厥阴为一阴，少阴为二阴，太阴为三阴；少阳为一阳，阳明为二阳，太阳为三阳。厥阴主风木，少阴主君火，太阴主湿土，少阳主相火，阳明主燥金，太阳主寒水）而且与各步的相合各年有轮变。6步每一气为30日43又3/4刻（百刻制），即《素问·六微旨大论》所说的：“位有终始，气有初中”和“初凡三十度而有奇，中气同法”。于是建立了一年12个月，有6个运季，以春分为岁首（《素问·天元纪大论》云：“少阴所谓标也，厥阴所谓终也”）的历法。此历法以天干地支为符号，一日按百刻制，以60年甲子为周期推算。
五运六气格局推法理论的形成，经历了西汉的五运和六气的分立时期，到东汉的五运六气结合的推步时期。
西汉及其以前有很多占候和预测气象之书，如《娄景书》《九宫八风占》《天文气象杂占》及《五星占》等，很多纬书中有论及运气的语句，如《易纬·河图数》有“五运”和“六气”之名词。《易纬·通卦验》论及24节气灾异及“当至不至”“未当至而至”之应。《易纬·是类谋》有“六十而一周”。《孝经纬·钩命诀》云：“五气渐变，谓之五运。”《易纬·乾凿度》记载最多：“五气以立，五常以行”，“日十干者，五音也”“辰十二者，六律也”等等。在西汉时已经有五行派与六气派两大派。五行派据五星推占，马王堆出土的《五行占》属于此派。《史记》所记的夏候始昌、夏候胜等人也以五行推占。《史记·天官书》所记之王朔与魏鲜属于六气派：“夫自汉之为天数者，星则唐都，气则王朔，占岁则魏鲜。”魏鲜以“四始”决定一年的有余、不及、正岁。
东汉时期，术数家把各自独立的五运和六气合而为一。五运六气虽然都以阴阳五行和易理为据，但推理的依据不同，五运以时间平移推演为标，六气则以与地面垂直气象的风、寒、热（暑）、湿、燥、火六种气象因素。循“天气制之，气有所从也”，天气统地气，天地合气于气交，把两种推演方式“五六相合”，使“五运并时六气”为“五运六气之应见”（《素问·六元正纪大论》）。由是而五运与六气合而为一。
在此同时，气一元论的哲学思想成为“五六相合”的理论依据。《素问·天元纪大论》开宗明义地说：“太虚寥廓，肇基化元（元气），万物资始，五运终天，布气真灵，总统坤元，九星悬朗，七曜周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。”近代诸多关于哲学的气一元论，多以为成熟于北宋，殊不知早在东汉就发轫了成熟而实用的气一元论的宇宙生成论，其模式是元气－五行－阴阳。又以“一分为三”的思想，把阴阳分为三阴三阳，成为六气之本。
统一的五运六气的格局，推演时分五步：
第一步，观星象定值年干支。
第二步，推五运之大运、主运、客运。
第三步，推六气的主气、客气及主客关系的客主加临。
第四步，推五运六气相互关系的“五六相合”。五六相合有运盛气衰的小逆、不和，气盛运衰的顺化、天刑，以及运气同化的天符、岁会、同天符、同岁会、太乙天符。
第五步，根据气象模式推断疾病流行于灾害。
客气的司天和南北政，也是古老的名词。传说颛顼帝命南政重司天以属神，北政黎司地以属民。五运六气把式盘上方统上半年者称司天，式盘下部统下半年为在泉。其推演的式盘按六步分六格，则左右共四个间气。
五运太过不及、客气司天在泉之胜复，如无承制为平气则成为病邪。五运六气以此建立了气象病因学，进而把东汉以前的诊治理论纳入五运六气的框架。五运六气遂成为有预测机制的从病因到治疗的医学理论体系。
《后汉书·方术列传》记有天文推步、河洛推步等推步之术。五运六气为“天文推步之术”或“内学”。记有樊英、杨厚、朗顗、冯允、廖扶等推步术者。《后汉书·苏竟杨厚列传》还记载因推步有验，先拜议郎，三迁为侍中的杨厚。杨厚出身于推步世家，祖父春卿，推步为业。其父杨统除绍其学外，又拜学于郑伯山、周循，杨统著《家法章句》及《内谶》二书，尽传于杨厚。杨厚教授门生、上名录者三千余人。死后立庙，乡人谥曰文父。此传可知，称推步或内学的五运六气，在东汉时已经被确立为术数中的专门之学了。值得注意的是东汉郑玄曾著《天文七政论》，惜此书已佚多年。
· 隐传期——从三国到唐初
五运六气立学以后，从三国到唐初的500年间，未能很好地传承，其主要原因就是“在形式和取义上都近似纬书”。
李学勤先生指出，看七篇大论的标题，如去掉“大论”两字，就有六篇为三字题，即“天元纪”“五运行”“六微旨”“气交变”“五常政”“至真要”，在形式和取义上，都近似纬书。这种现象，很可以同《参同契》对比，它们都是纬学盛行时期的产物。
纬学的兴盛，始于西汉晚期，至三国已趋衰熄。曹魏“科禁仙学、兵书”，凡谶纬均须上缴，否则坐罪；西晋也“禁星气谶纬之学”，此后南北朝皆有厉禁，七篇大论被当作纬书，只能在道家或道教人中秘抄传承。在《易经》各派传承中，魏之王弼，殊论义理，尽扫象数，也是抑止纬书和五运六气的学术契因。
再者，术数家皆有根深蒂固的治术意识，不轻意示人，传承时也只讲其然而不讲其所以然，令人羚羊挂角，无迹可寻。本来就深奥难学，少许人学后，也难得再传。以至500余年几近湮没。但是作为被禁的图纬之书，其推步在皇家司天监中，仍是重要科目之一。而在民间仍被医学家、养生学家们所秘传。如《晋书·天文志》上说葛洪同“张平子陆公纪之徒，咸以为推步七曜之道，以度历象昏明只证候（此处证候指气候）……莫密于浑象者也”。《旧唐书·孙思邈传》称孙思邈“推步甲乙，度量乾坤”。据《唐六典》卷二《尚书·吏部》对官员们的考核，以“四善”“二十七最”为指标，对司天监人员“二十二曰：推步盈虚，究理精密，为历官之最。”唐代医学理论家王冰，次注《素问》时新纳入的“七篇大论”，就是取自“先师张公秘本”。
· 经传期——唐代王冰次注《素问》以后
唐代医学家王冰在次注《素问》时，将运气七篇大论补入，从此运气之学便成为医经，这就进入了经传期。
五运六气学说成为“医经”的内容，当按“经”的意识对待和传承，但历代不乏异议者。如宋代林亿就以“篇卷浩大，不与《素问》前后篇卷等；又且所载之事，与《素问》余篇略不相通。窃疑乃《阴阳大论》之文，王氏取以补所亡之卷，犹《周官》亡《冬官》，以《考工记》补之类也。”也有人认为七篇是王冰之作。历代以来，关于是否《素问》原版之争的意义并不大，关键在于运气的内容是否为有价值的学问。
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