生酮饮食虽然是一种饮食疗法，但是在癫痫病的治疗上已经应用几十年的时间，其疗效也已经过诸多检验。像所有医学疗法一样，生酮饮食的副作用也是多方面的，具有潜在的不良反应，并不是人人都可以尝试，身体健康者将其应用在减肥和健身时，也须在了解生酮饮食的副作用，并在专业人士的监督下进行，才能保证身体安全。
一、肠胃功能紊乱
最常见的是胃肠道问题，常见于饮食治疗的最初几周。多达50％的儿童可能出现呕吐、腹痛和便秘。这些症状通常是轻微的，易于纠正的，通常在生酮饮食开始时会对家长进行培训，添加适当的营养补充剂以及药物来预防和缓解生酮初期可能出现的胃肠道反应。如果在生酮开始的初期可以充分地管理和预防，胃肠道副作用发生率会降低，极少数的患者是因为胃肠道反应而停止生酮饮食治疗。
二、对心脏功能的影响
据报道，生酮饮食治疗的患儿可能出现心脏异常，包括心肌病和QT间期延长。这些并发症的机制尚不完全清楚，一例与硒缺乏有关，但其他病例则没有。如前所述，此时不推荐常规ECG作为筛查试验。长期生酮饮食容易造成硒、镁的矿物元素的缺乏，可能会造成不可逆的心肌损伤，导致心律不齐甚至猝死。
三、甲状腺功能异常
在2017年的一项研究中，发现在6个月的生酮饮食后，16.7%的人群发现甲状腺功能低下，这些人群的平均年龄是7.3岁。甲状腺产生两种激素：T4和T3，其中T3对卡路里和碳水化合物摄入非常敏感，如果碳水摄入过低，T3水平会下降。这就会减缓新陈代谢，导致减重无效甚至增重，同时伴随身体疲劳、脱发等现象。
四、肾结石
肾脏结石在3-7％的生酮饮食治疗的儿童中发生过。它们通常不需要停用生酮饮食治疗，并且很少需要碎石术。生酮期间糖异生导致尿酸增加，同时由于酮酸导致尿液中的钙也会增多，且机体容易处于缺水状态，这些都是肾结石的诱导因素。想要降低肾结石几率，需要大量喝水，以及补充柠檬酸钾补剂，研究表明柠檬酸钾可以让生酮儿童中肾结石发生率从10%下降到3%左右。
五、高脂血症
高脂血症是几乎所有生酮饮食治疗的患者众所周知的副作用。据报道，14-59％的经典生酮饮食患儿血清甘油三酯、总胆固醇和低密度脂蛋白（LDL）水平升高。在饮食治疗的第一个月就可以看到高脂血症。初步数据表明，尽管在生酮饮食的最初几个月内血脂升高，但这种增高通常是暂时的。在一项研究中，60％的患者采用经典生酮饮食治疗后患有高胆固醇血症（>200 mg/dl），但到12个月时，他们的血脂水平通常会正常化并保持在正常范围内。大多数生酮饮食治疗中心不愿意在已患有高脂血症的儿童中开始生酮饮食治疗。然而，在一项研究中显示，尽管生酮饮食中脂肪含量很高，但患者启动经典生酮饮食治疗后，其血脂水平仍可以控制。
六、对儿童生长发育的影响
有关生酮饮食治疗对儿童生长影响的数据比较混杂，说法不一。然而，生酮饮食治疗持续时间超过6个月研究表明，经典生酮饮食对生长有负面影响，并且随着时间的推移可能导致身高减速。
生酮饮食的副作用，除了这6个主要方面外，还有便秘、口臭、月经紊乱和肌肉流失等，究其原因是微量元素的缺乏，所以，在进行生酮饮食治疗疾病或者减肥健身的过程中一定要关注身体变化，遵医嘱继续或者停止
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